Antxón Alberdi es de San Sebastián se licenció por Físicas en la Universidad de Zaragoza. En el año 1991 se doctoró con una tesis sobre radioastronomía dirigida por Jon Markaide. Posteriormente paso casi tres años en el Instituto de radioastronomía del Max Planck en la ciudad de Bonn, tras los cuales regresó a España. En 1995 ingreso en el Laboratorio de Astrofísica y Física Fundamental o LAEFF, perteneciente al INTA, en Madrid. Por fin, en 1997 entró a formar parte del Instituto de Astrofísica de Andalucía. Su principal línea de investigación es Radiointerferometría aplicada a Galaxias y últimamente radiosupernovas.